Die spezifische Abwehr richtet sich vorwiegend gegen fremdes Gewebe, Blutzellen, die im Rahmen einer Bluttransfusion oder Transplantation in den Körper vordringen oder gegen bestimmte Erreger. So werden Substanzen, die vom Körper als „fremd“ erkannt werden, mittels spezifischer Abwehr bekämpft. Jene werden als Antigene bezeichnet. Zwischen der spezifischen und unspezifischen Abwehr gibt es zwei eklatante Unterschiede:

Einerseits kann sich der Körper die Antigen merken und bei weiterem Befall noch schneller sowie stärker darauf reagieren, andererseits richten sich die Substanzen gegen ein bestimmtes Antigen. Das spezifische Immunsystem weist unterschiedliche Zellen auf, sodass problemlos fremde Stoffe bekämpft und abgewehrt werden können.