In der Darmwand haben sich rund 70 % der antikörperproduzierenden Zellen niedergelassen, daher ist der Darm Nummer 1 in der Abwehr von Erregern. Diese Zellen nennen sich auch „darmassoziiertes Immunsystem“, welches Fremdstoffe und Keime zuverlässig erkennt, markiert und vernichtet. Im Dickdarm findet man zudem eine hohe Anzahl an angesiedelten Bakterien – die Darmflora. Eine gesunde Darmflora trägt einen wesentlichen Teil zur Abwehr von Krankheitserregern bei, denn fremde Keime haben es schwer sich einzunisten. Bakterien, die allerdings zu einer gesunden Darmflora gehören und unschädliche Nahrungsbestandteile, werden vom darmassoziierten Immunsystem akzeptiert.